Bidang Penjagaan, Patroli dan Penyidikan mempunyai tugas melaksanakan pengawasan keselamatan dan keamanan pelayaran terkait dengan kegiatan bongkar muat barang berbahaya, barang khusus,  pengisian bahan bakar, limbah bahan berbahaya dan  beracun  (B3), ketertiban embarkasi dan debarkasi penumpang, pembangunan fasillitas pelabuhan, pengerukan dan reklamasi, kegiatan alih muat di perairan pelabuhan, salvage dan pekerjaan bawah air, pelaksanaan bantuan pencarian dan penyelamatan (Search And Rescue/SAR), pengendalian dan koordinasi penanggulangan pencemaran dan pemadaman kebakaran di pelabuhan, pengawasan pelaksanaan perlindungan lingkungan maritim, pemeriksaan dan verifikasi sistem keamanan kapal dan fasilitas pelabuhan (International Ship and Port Facility Security Code/ ISPS-Code), pemeriksaan pendahuluan pada kecelakaan kapal, penegakan hukum di bidang keselamatan dan keamanan pelayaran serta koordinasi kegiatan pemerintahan di pelabuhan yang terkait dengan pelaksanaan pengawasan dan  penegakan hukum di bidang keselamatan  dan  keamanan pelayaran.

Dalam melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud dalam Pasal 17, Bidang Penjagaan, Patroli dan Penyidikan menyelenggarakan fungsi:

• pelaksanaan penjagaan, pengamanan dan penertiban embarkasi dan debarkasi penumpang di pelabuhan;
• pelaksanaan pengawasan kegiatan bongkar muat barang khusus dan barang berbahaya dan  pengisian bahan bakar, limbah bahan berbahaya dan beracun (B3), pembangunan fasillitas pelabuhan serta pengerukan dan reklamasi;
• pelaksanaan patroli di perairan pelabuhan, pengawasan dan pengamanan terhadap keselamatan kapal yang masuk keluar pelabuhan, kapal sandar dan berlabuh;
• penyiapan bahan koordinasi dan pemberian bantuan pencarian dan penyelamatan (Search And Rescue I SAR), penanggulangan pencemaran laut serta pencegahan dan pemadaman kebakaran di perairan      pelabuhan      serta pengawasan perlindungan lingkungan maritim;
• pelaksanaan pengawasan kegiatan alih muat di perairan pelabuhan, salvage dan pekerjaan bawah air;
• pelaksanaan pemeriksaan dan verifikasi sistem keamanan kapal dan fasilitas pelabuhan (Internasional Ship and Port Facility Security Code/ ISPS-Code);

• penyiapan bahan pemeriksaan pendahuluan pada kecelakaan kapal; dan
• pelaksanaan penyidikan tindak pidana di bidang pelayaran sesuai dengan peraturan perundang­ undangan.

Bidang Penjagaan, Patroli dan Penyidikan, terdiri atas:

• Seksi Penjagaan;
• Seksi Patroli; dan
• Seksi Penunjang Keselamatan dan Penyidikan.

Seksi Penjagaan mempunyai tugas melakukan penjagaan, pengamanan dan penertiban embarkasi dan debarkasi penumpang di pelabuhan, pengawasan kegiatan bongkar muat  barang khusus, barang berbahaya, pengisian bahan bakar, limbah bahan berbahaya dan beracun (B3), pembangunan fasillitas pelabuhan serta  pengerukan dan reklamasi.

Seksi Patroli mempunyai tugas melakukan patroli di perairan pelabuhan, pengawasan dan pengamanan terhadap keselamatan kapal yang masuk keluar pelabuhan, kapal sandar dan berlabuh, penyiapan bahan koordinasi dan pemberian bantuan pencarian dan penyelamatan (Search And Rescue I SAR), penanggulangan pencemaran  laut  serta  pencegahan   dan pemadaman kebakaran di perairan pelabuhan.

Seksi Penunjang Keselamatan dan Penyidikan mempunyai tugas melakukan pengawasan kegiatan alih muat di perairan pelabuhan, salvage dan pekerjaan bawah air, pemeriksaan dan verifi.kasi sistem keamanan kapal dan fasilitas pelabuhan (International Ship and Port Facility Security Code/ ISPS-Code), penyiapan bahan pemeriksaan pendahuluan pada kecelakaan kapal serta penyidikan tindak pidana di bidang pelayaran sesuai dengan peraturan perundang-undangan.